تتولى هذه المديرية إجراء التحاليل اللازمة على العينات المحالة إليها من الجهات المعنية للمواد والمستحضرات الصيدلانية المصنعة محليأ او المستوردة وإصدار شهادات التحليل حول مدى المطابقة للمواصفات

كما وتتولى إعداد الخطط والمشاركة في الدراسات والبحوث في مجال الرقابة والصناعة الدوائية وتوفير البيانات اللازمة ضمن إطار عملها وتغذيتها إلى مديرية التخطيط والتعاون الدولي بالإضافة إلى تأمين التدريب ضمن وطار عملها مع رفع مقترحات القوانين الملائمة واعتماد أسس الجودة في أداء مهامها.وتقوم المديرية بالمهام من خلال الهيكل التنظيمي:

•  مكتب استلام العينات و الشواهد العيارية
•  مخبر النماذج
• المخبر الفيزيائي
• المخبر الكيميائي
•  المخبر الجرثومي
• مخبر الاستشراب السائل عالي الأداء
• مخبر الاستشراب على الطبقة الرقيقة
•  مخبر الاستشراب الغازي
• مخبر الامتصاص الذري
•  مخبر تأثير الأدوية
•  مخبر الدراسات الحيوية في الزجاج
• مخبر الجاهزية الحيوية
• مخبر دراسات الثبات
•  دائرة الجودة
• المكتبة
• الديوان